La construcción de lo que hoy es el  Instituto de Educación Secundaria Montes Obarenes se inició en 2001 como una ampliación para el instituto que por entonces se encontraba en la carretera de Orón e impartía enseñanzas de ESO, Bachillerato y Formación Profesional. En ese momento se derivaron al nuevo centro las enseñanzas de 1º, 2º y 3º ESO.

En 2008 se llevó a cabo una nueva y definitiva ampliación, que permitió la división de las enseñanzas impartidas en dos nuevos centros educativos: el centro Integrado de Formación Profesional Río Ebro, que permaneció en las instalaciones de Orón, y el IES Montes Obarenes, en su actual ubicación en la zona de expansión urbanística de la ciudad, donde se ubicaron definitivamente todas las enseñanzas de ESO y Bachillerato.